Okazaki Tomoya est un lycéen de 3ème année, considéré par certains comme un délinquant. Un jour il rencontre Nagisa Furukawa sur un chemin bordé de cerisiers en fleurs. Cette rencontre marque le début d'une relation amicale entre un garçon sans motivation et une jeune fille timide, rêvant...

Clannad ~After Story~présente de nouveaux arcs avant de s'intéresser à l'histoire de Tomoya et Nagisa, un couple désormais inséparable. Tomoya a désormais obtenu son diplôme tandis que Nagisa se trouve contrainte à reprendre une année, rattrapée par sa maladie. Tomoya décide d'entrer...