Le sanctuaire Ukishima est situé dans une vieille ville pittoresque au bord d'un lac. Kisaragi Saya, une jeune prêtresse du temple vit là avec son père, Tadayoshi. Le jour, elle vit la vie d'une lycéenne normale à l'académie Sanbara. Mais la nuit, elle chasse les "Anciens", des créatures...

Saya Otonashi est une jeune lycéenne qui vit tranquillement avec sa famille. Mais cela fait un an qu'elle n'a aucun souvenir de sa vie passée. Un soir au lycée, une mystérieuse créature s'attaque à elle et un allié du passé vient l'aider, faisant ressurgir la guerrière qui sommeillait en...